Uma das críticas da CNA à proposta elaborada pelo MMA é a contrariedade a dispositivos legais aprovados ou em fase de aprovação pelo Congresso Nacional, ferindo regulamentos existentes como a Política Nacional de Recursos Hídricos, Lei de Biossegurança e Código Florestal. Outra preocupação é com o fato de haver sobreposição de legislação, o que pode acontecer se for mantida a meta que vincula o uso da terra a limites determinados por meio de Zoneamentos Ecológicos Econômicos (ZEEs). A CNA avalia que esses zoneamentos não são suficientes para estabelecer os índices de restrição do uso do solo e substituir as restrições previstas no Código Florestal.
Da forma como está, o plano também representa risco para as cidades e para o campo ao propor que pelo menos 35% da área de todas as bacias hidrográficas seja reservada para conservação da biodiversidade, o que significa, na prática, proibir qualquer atividade nessas áreas, desde agricultura até obras públicas. A CNA argumenta que o Código Florestal brasileiro em tramitação final na Câmara dos Deputados trata desse tema. Reforça, também, as atribuições dos comitês de bacias para especificar as políticas públicas para cada bacia hidrográfica, considerando as peculiaridades de cada uma delas.
O documento encaminhado pela CNA aponta, ainda, falhas na proposta que prevê a criação de pelo menos 55% de unidades de conservação na Amazônia, sem especificar qual o critério será adotado. A CNA defende que sejam computadas nesse cálculo as áreas que são protegidas na Amazônia na forma de Áreas de Preservação Permanente (APPs) e de reserva legal, que somam atualmente 142,9 milhões de hectares. Ainda em relação a aspectos fundiários, a CNA critica a proposta de demarcação, homologação e ampliação dos territórios dos povos indígenas segundo as necessidades identificadas por esse grupo.
